Con esto zanjó un viejo conflicto con la provincia de San Luis, que intentó recuperar esas tierras. A través del decreto N° 393/2006, el jefe del Estado nacional dio fin a la disputa con la provincia por la explotación de ese patrimonio de la humanidad y aceptó, en un mismo acto, la transferencia e inscripción a la jurisdicción del Estado nacional de un total de 73.584 hectáreas y 46 áreas de parque nacional.

En los considerandos del decreto, el Ejecutivo nacional explicó el camino legal recorrido por la APN para lograr el dominio de las tierras, que se inició el 3 de julio de 1989 con la suscripción de un convenio, en el que la provincia se había comprometido a entregar a la APN esas tierras.

Pese a que ese convenio fue ratificado por San Luis por una ley provincial y luego mediante una ley nacional, nunca se cumplió, y esa falta de formalización perjudicó a la administración nacional en el desarrollo de sus planes de obras para el lugar.

Nunca se llegó a escriturar a favor de la APN por "la pérdida del expediente provincial N° 37.991-D-98", que dio origen al decreto por el que el ex gobernador de la provincia Adolfo Rodríguez Saá había autorizado la transferencia de las tierras.

Esa sombra administrativa determinó la necesidad de que el Ejecutivo nacional aceptara, a través de otro decreto -393/2006-, la transferencia dispuesta y habilitara así a la Escribanía General del gobierno provincial para escriturar los inmuebles a favor del Estado nacional.

Atento a esto y "al tiempo transcurrido sin que la provincia de San Luis haya informado sobre la aparición del expediente mencionado" se decidió que esas tierras pasaran a la órbita de la APN, que las adquirió con sus propios fondos para crear el Parque Nacional Las Quijadas.